تصفیه فاضلاب اغلب شامل دو مرحله اصلی به نام های تصفیه اولیه و ثانویه است، در حالی که تصفیه پیشرفته شامل یک مرحله تصفیه سوم با فرآیندهای پرداخت و حذف مواد مغذی است. تصفیه ثانویه با استفاده از فرآیندهای بیولوژیکی هوازی یا بی‌هوازی می‌تواند مواد آلی (که به عنوان نیاز اکسیژن بیولوژیکی اندازه‌گیری می‌شود) از فاضلاب را کاهش دهد.