WWTP با استفاده از تصفیه خانه های بیولوژیکی ثانویه فاضلاب مزایای زیادی برای جامعه و محیط زیست به ارمغان آورده است. با توجه به زمان کوتاه ماندن هیدرولیک (چند ساعت)، کاهش زیاد در میزان ترکیبات طبیعی و بیگانه‌بیوتیک قابل توجه است. با این حال، WWTP های شهری اساساً برای حذف پاتوژن ها و مواد معلق و لخته شده آلی و معدنی طراحی شده اند، اما نه مواد دارویی. چهار عامل کلیدی در پیش‌بینی تأثیر هر WWTP حیاتی هستند: (1) اندازه جمعیت انسانی متصل به WWTP، (2) جریان از طریق کار، (3) نوع تصفیه مورد استفاده، و (4) رقت موجود در آب دریافت کننده
با توجه به تغییرات “تخلیه انسانی” و جریان به WWTP که معمولاً منجر به فلاش‌های اوج 8 تا 9 صبح می‌شود، استراتژی نمونه‌گیری مناسب از اهمیت حیاتی برخوردار است. نمونه برداری و تجزیه و تحلیل ضعیف نمونه های غیر معرف به طور کلی منبع اصلی خطا در داده های کیفیت آب است که منجر به نتیجه گیری اشتباه در مورد حذف ترکیبات خاص و کارایی تصفیه اعمال می شود. بنابراین، تعداد مناسب نمونه، مدت زمان نمونه برداری و فراوانی برای به دست آوردن داده های قابل اعتماد بسیار مهم است.